Franco Colussi ha compiuto gli studi letterari presso l’Università di Padova con il prof. G. Cattin, perfezionandosi poi presso l’Università di Ferrara (Master sul Rinascimento italiano) e di Udine (Dottorato internazionale di studi audiovisivi: cinema, musica e comunicazione), e quelli musicali con F. Facca, G. Sperandio, L. Falilone, F. Maronese e N. Albarosa.
È stato docente di Educazione musicale nelle scuole medie (dal 1979 al 1987), professore a contratto di Interpretazione delle fonti musicali e di Paleografia musicale (dal 1996 al 2007) presso l’Università degli Studi di Udine, di Filologia musicale ed Elementi di teoria e storia della notazione musicale (2000-2007) presso il Triennio Superiore del Conservatorio “G. Tartini” di Trieste, di Paleografia musicale (2001-2007) e di Teoria e storia della notazione musicale (dal 2003 al 2010) presso l’Università di Padova. È stato anche docente di italiano e latino presso il liceo statale “Le Filandiere” di S. Vito al Tagliamento.
Già membro del comitato di redazione della «Rassegna veneta di studi musicali» (rivista delle Università di Padova e di Venezia) e di «Musica e Storia» (Il Mulino, Bologna), attualmente fa parte del comitato scientifico e di redazione di «Musica & Figura»; è direttore della nuova collana editoriale musicologica «Premio Pier Luigi Gaiatto» della Fondazione Levi di Venezia.
Ha partecipato al progetto “Raphael” (Unità dell’Università degli Studi di Padova) ossia “Censimento informatizzato e restauro integrale di un repertorio musicale trascurato: il canto gregoriano con elementi ritmico-proporzionali”, finanziato dal MIUR, a.a 2003-2004.
È stato collaboratore del The New Grove Dictionary of Music and Musicians, a cura di S. Sadie, London, Macmillan, 2001-2002 e del Dizionario Biografico degli Italiani. Ha curato oltre cento voci per il Nuovo Liruti. Dizionario biografico dei friulani promosso dall’Istituto Pio Paschini per la Storia della Chiesa in Friuli.
Da molti anni svolge attività di ricerca finalizzata a ricostruire le vicende di antiche istituzioni musicali e a recuperare il patrimonio musicale del passato, soprattutto friulano e veneto, riproponendolo in edizioni critiche moderne. È autore e/o curatore di diversi volumi e saggi tra cui si possono ricordare almeno la trascrizione e l’edizione critica di 5 volumi degli opera omnia di Alessandro Orologio; l’edizione critica de Il secondo libro de madrigali a sei voci (1580) di Andrea Gabrieli, Milano, Ricordi, 2001 (Edizione Nazionale delle opere di Andrea Gabrieli, 8); la curatela di Candotti, Tomadini, De Santi e la riforma della musica sacra, Udine, Forum, 2011; l’edizione delle Lettere musicali di Giovanni Battista Candotti (per l’Istituto Pio Paschini, 2014); la curatela degli scritti musicologici di Pier Luigi Gaiatto per conto della Fondazione Levi di Venezia (2021).